小新一家在前往古都度假时，竟被卷入一场来自“屁祖隐村”的忍者继承人之争，而那个传说中的继承人，居然和广志长得一模一样。
野原一家前往历史悠久的“味之素市”品尝忍者料理，没想到入住的旅馆老板突然跪在广志面前，称他为“隐殿大人”。原来，在现代社会中仍秘密存在着一个忍者村落“屁祖隐村”，那里世代封印着一场足以毁灭世界的大灾难。而广志正是忍者首领“隐殿”在现代的影分身。为了阻止灾难，小新被迫接受影分身修行，美冴穿上了忍者服，就连小白都学会了忍犬技能。与此同时，一个来自西方的神秘组织也盯上了封印的力量。在熟悉的搞怪与吵闹中，野原一家将用屁拳与爱意，守护这个古怪却又温暖的世界。
保持了系列一贯的无厘头风格，但内核却异常感人。将忍者文化与现代家庭结合得天马行空，笑点密集。最后广志为了家庭放弃“拯救世界”的机会那一幕，完美诠释了何为真正的英雄——那个爱着家人的平凡父亲。
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